如何讓感受態(tài)細(xì)胞延年益壽
為什么-80℃才是王道
在世界各地的實驗室中,將細(xì)菌甘油菌種保存在-80°C是一種常見的做法,這種方法能夠長期保存細(xì)菌菌株。對于依賴這些菌種來保證實驗一致性和可重復(fù)性的研究人員來說,這些菌種在保持活性的前提下能夠保存多久至關(guān)重要。當(dāng)細(xì)菌在-80 ℃的甘油溶液中保存時,甘油起到冷凍保護(hù)劑的作用。這可以防止冰晶的形成,從而避免對細(xì)胞結(jié)構(gòu)造成損害,進(jìn)而延長細(xì)菌培養(yǎng)物的壽命并提高其活性。通常使用15-25%的甘油濃度,使細(xì)菌細(xì)胞保持休眠狀態(tài),以便在需要時被激活。很多人以為“凍上就行”,把感受態(tài)細(xì)胞隨手塞進(jìn)-20℃冰箱其實是大錯特錯。研究發(fā)現(xiàn),在-20℃下,感受態(tài)細(xì)胞幾天之內(nèi)就能丟掉90%以上的轉(zhuǎn)化效率!為什么?因為-20℃雖然看著也結(jié)冰了,但分子運動還沒慢到足夠保護(hù)細(xì)胞膜的地步。
NEB方面的實驗表明大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞(NEB #C2987H)在-20°C下儲存24小時后,失去94.5%的轉(zhuǎn)化效率。 2天后失去98.9%的轉(zhuǎn)化效率,儲存一周,減少99.6%轉(zhuǎn)化效率。Koenig GL等進(jìn)行了一項時間跨度達(dá)10年的研究,結(jié)果顯示重組E.coli 在-20 ℃保存10個月后,質(zhì)粒保留率下降20-40%(無抗生素選擇時更高),復(fù)蘇后菌落中無質(zhì)粒比例達(dá)15%。追蹤10年細(xì)胞庫顯示-80 ℃下10年質(zhì)粒保留率>95%,而-20 ℃下早期質(zhì)粒就發(fā)生顯著丟失。
感受態(tài)細(xì)胞保存時間一覽
主流商用感受態(tài)細(xì)胞的產(chǎn)品說明書都寫得清清楚楚,在-80℃左右儲存、避免反復(fù)凍融,部分產(chǎn)品未明確說明保存期限,但是寫了解凍后應(yīng)立即使用,長時間放置會降低轉(zhuǎn)化效率。細(xì)胞這轉(zhuǎn)化效率為10?–10? cfu/μg甚至更高。部分產(chǎn)品明確說明6個月保質(zhì)期,超過這個期限,廠家不再保證轉(zhuǎn)化效率,但細(xì)胞并不會立刻死亡,只是轉(zhuǎn)化效率會緩慢下降。
反復(fù)凍融是頭號危險因素
每次從-80℃拿出來化凍,再放回去,就等于給細(xì)胞來了一次“折磨”。數(shù)據(jù)顯示,每經(jīng)歷一次完整的凍融循環(huán),轉(zhuǎn)化效率差不多掉一半!兩三次下來,你的“高效率感受態(tài)”可能就變成“勉強能用”了。 所以最明智做法是一開始就分裝成單次使用的小管(比如100 μL/管),用的時候一次性拿幾管出來,用不完的直接丟棄。
長時間保存的細(xì)胞是否能用
常規(guī)單質(zhì)??寺 ⑺{(lán)白斑篩選、點突變驗證、BL21蛋白表達(dá),這些只要長出幾個到幾十個菌落就成功,老細(xì)胞完全可以上,也夠用。但構(gòu)建文庫、多片段拼接、轉(zhuǎn)化大片段或低拷貝質(zhì)粒時,轉(zhuǎn)化效率直接決定多樣性或成功率,這時候超過一年的細(xì)胞最好別冒險。
轉(zhuǎn)化效率計算
轉(zhuǎn)化效率(Transformation Efficiency)的單位是:cfu/μg(每微克DNA得到的菌落形成單位)。這是衡量感受態(tài)細(xì)胞好壞的黃金標(biāo)準(zhǔn)。下面以最常見的DH5α轉(zhuǎn)化實驗為例,手把手教你怎么算。
轉(zhuǎn)化效率(cfu/μg)=(長出來的菌落數(shù)) ÷ (實際使用的質(zhì)粒DNA量,μg)
計算步驟
1.取50 μL DH5α感受態(tài)細(xì)胞(冰上化凍);
2.加入1μL質(zhì)粒(濃度通常是10 pg/μL的標(biāo)準(zhǔn)pUC19對照質(zhì)粒);
3.冰上30 min → 42℃熱激45 s → 冰上2 min;
4.加入950 μL無抗LB或SOC,37℃搖1 h恢復(fù);
5.取100 μL涂布到含Amp的LB平板(即涂了1/10體積);
6.第二天統(tǒng)計菌落,假設(shè)第二天100 μL涂板上長了286個菌落。;
7.計算出整個轉(zhuǎn)化的理論菌落:286 × (1000÷100) = 2860;
8.實際加入的DNA量:10 pg= 0.00001 μg;
9.轉(zhuǎn)化效率:2860 ÷ 0.00001 μg = 2.86 × 10? cfu/μg(正常范圍,自制好用的DH5α也能到10?–10?)。
感受態(tài)細(xì)胞“長壽”秘訣
第一,全程-80℃保存,不進(jìn)-20℃;第二,制備后立即單次分裝;第三,放在冰箱內(nèi)部穩(wěn)定區(qū)域,避免開門溫度波動;第四,貼好制備日期,用多少拿多少;第五,解凍即用,不在冰上長時間放置。
參考文獻(xiàn)
1. New England Biolabs Competent Cell Technical Guide
2.Thermo Fisher Scientific. Storage recommendations for competent cells
3.Viability of and plasmid retention in frozen recombinant Escherichia coli over time: a ten-year prospective study
4.Emergence of plasmid stability under non-selective conditions maintains antibiotic resistance.


